Una volta ultimate le verifiche sul materiale recapitato e sulla documentazione di accompagnamento prodotta, la Banca diventa responsabile della corretta gestione del medesimo, individuando i tempi e le modalità più idonee per la pulizia, conservazione e moltiplicazione del germoplasma. Del materiale consegnato i curatori della banca valutano l'opportunità di lavorare l'intero lotto o parte di esso, in considerazione delle priorità individuate dalla Banca, dell'importanza del materiale e della sua quantità. Dopo aver provveduto ai controlli fitosanitari necessari, l'ecotipo introdotto nella Banca del germoplasma deve essere registrato su un database. Successivamente, si verifica la necessità di adottare eventuali precauzioni per la sua manipolazione-indicandole nella scheda di pulizia e conservazione. Nella registrazione è di fondamentale importanza indicare:

• il nome del iaxon;
• il numero di accessione del lotto;
• la data di ingresso nella banca;
• la qualità della pulizia dei semi o il tipo di trattamento cui sono stati sottoposti:
• la provenienza del lotto, intesa come nome della stazione di raccolta e come codice/nome del raccoglitore o dell'Ente che ha fornito il materiale;
• l'obbiettivo, oppure il progetto di riferimento per il quale è stata pianificata ed effettuata la raccolta.

Il numero dell'accessione può essere un codice alfanumerico.
Prima che il materiale raccolto venga introdotto nei locali della Banca è opportuno rispettare un periodo di quarantena, durante il quale il germoplasma viene stoccato in un ambiente esterno ed isolato dalle strutture della Banca. Tale procedura permette di valutare lo stato fitosanitario del materiale raccolto. Dei semi raccolti, aventi i requisiti adeguati e che abbiano superato il periodo di quarantena, viene ripulito un piccolo quantitativo per essere testato, al fine di stimare la percentuale di germinabilità e la validità del materiale raccolto. I semi potranno continuare ad essere manipolati, se la percentuale di germinazione risulterà maggiore del 50%, escludendo i casi in cui: l'ecotipo presenti difficoltà di reperimento in quantitativi sufficienti, il popolamento sia a rischio d'estinzione oppure quando la naturale germinabilità della specie sia di per se molto bassa. La qualità del germoplasma in entrata nella banca può essere in alternativa stimata sia attraverso osservazioni dirette (colore, dimensioni, presenza di parassiti), sia attraverso l'esecuzione di test di vitalità. Una volta superati i test in ingresso, dai semi vengono eliminate le impurità residue come polveri, residui resinosi, semi vuoti o abortivi, semi compromessi da insetti e/o intaccati e quindi non conservabili. Le operazioni necessarie a questa fase di lavorazione possono essere eseguite meccanicamente, manualmente o in entrambe le modalità. In molti casi l'uso di tecniche meccaniche provoca il danneggiamento del seme, esponendolo ad infezioni fungine e deterioramento dei tegumenti. L'intervento manuale, nonostante sia particolarmente dispendioso in tennini di lavoro, quasi sempre si ritiene necessario per disarticolare i frutti o le infruttescenze. 11 lavoro può essere eseguito manualmente con l'impiego di utensili e/o strumenti di laboratorio (es.: pinze, pinzette, puntali, ere). Quando invece la dimensione dei semi è molto piccola l'intervento di macchinari non è in grado di separare i semi dalle piccolissime infiorescenze e si rende necessario l'impiego di strumenti ottici come stereoscopi e lenti d ' ingrandimento. La lavorazione di modeste quantità di seme è normalmente eseguita con piccole macchine da laboratorio. Le più comuni attuano una selezione di tipo gravimetrico, sfruttando un flusso d'aria che separa le impurità dalle sementi e allo stesso tempo i semi vitali da quelli vuoti. Queste operazioni, se non correttamente eseguite, possono portare ad un impoverimento genetico dell'accessione rispetto alla popolazione di provenienza, in quanto si potrebbe avere la perdita di tutti quei semi che, seppur vitali, hanno un peso non discriminabile rispetto al materiale di scarto. In alcuni casi, le tecniche automatizzate non sono in grado di svolgere perfettamente il lavoro, in quanto la ridottissima dimensione dei semi è simile alla dimensione delle polveri o dei tessuti finemente sminuzzati o ridotti in polvere. A tal fine si utilizza una batteria di setacci con diametro di intennaglia variabile da 1 cm a 0,1 nini, per favorire l'eliminazione selettiva di impurità. Nei casi più complessi i semi vengono separati manualmente con l'ausilio di pinzette e utensili da laboratorio. L'impiego combinato di tecniche manuali e meccaniche riguarda quei casi in cui ad una prima pulizia manuale grossolana ne segue una meccanica e successivamente un'altra manuale di precisione e rifinitura. Infine, verificato il grado di purezza e lo stato di pulizia del materiale, i semi vengono contati e pesati, misurando il peso medio di un seme.